Die Stiftsmühle des Benediktiner Stiftes St. Peter und die Salzachmühle des Mutterhauses der Barmherzigen Schwestern; beides schon seit dem 12. Jahrhundert bestehende Klostermühlen, wurden im Kriegsjahr 1942 den Besitzern enteignet und zum Gaueigentum erklärt. Nach Kriegsende im Jahr 1945 bekamen die Besitzer ihre Mühlen wieder zurück.
Die Stiftsmühle wurde, in einem von Bombenangriffen verschontem Zustand, dem Benediktinerstift St. Peter und die Salzachmühle als Trümmerhaufen dem Mutterhaus der Barmherzigen Schwestern zurück gegeben.
In den darauf folgenden Jahren, galt es das Gebäude der Salzachmühle wieder aufzubauen.

Da die Salzachmühle auch über eine Kraftanlage verfügte, und sich die Barmherzigen Schwestern auf die Stromversorgung konzentrieren wollten, wurden die Stiftsmühle und die Salzachmühle zusammengeschlossen.
Die Salzachmühle wurde zur Weizenvermahlung genutzt und die Stiftsmühle zur Roggenvermahlung. In einem ehemaligen Wirtschaftsgebäude im Aiglhof, wurde ein Getreidesilo errichtet, welcher als Getreidelager für diese beiden Mühlen diente. Bedingt durch die Lage der Stiftsmühle (Ecke Festungsgasse-Kapitelplatz) wurde die An- und Auslieferung der Produkte immer schwieriger. Somit wurde beschlossen die dortige Produktion, nach fast 800 Jahren, einzustellen und nun Roggen und Weizen in der Salzachmühle zu vermahlen. Aber auch der Standort der Salzachmühle, betreffend Zufahrt und Ausbaumöglichkeiten war nicht ideal.

Es gab die Überlegung eine neue Mühle direkt beim Getreidesilo zu errichten. Mit Bau und Gewerbebehörde wurde schließlich nach längeren Verhandlungen entschieden, einen Teil der Getreidesilos abzutragen und dort eine neue Mühle zu erbauen. Der Maschinenpark der Salzachmühle war auf dem neuesten Stand der Technik und konnte fast vollständig in die neuen Gemäuer übernommen werden. Zur Gänze neu erstellt wurde der Mehlsilo mit Mehlsortenabsackung und Loseverladung. Im Jahr 1989 siedelte die Stifts- und Salzachmühle ,unter dem Geschäftsführer Franz Grabmer, vom Salzachgässchen in den Aiglhof, wo noch heute der Betrieb fortgeführt wird.
Moderne elektronische Schaltanlagen der Firma Bühler steuern und überwachen noch heute Mühle, Getreide- und Mehlsilo.